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脑是人体神经系统复杂的部分,它控制着身体以及我们所做、所想和所知的每一件事。并对其进行加处理，再将信息传导至肌肉令其产生相应动作。脑的不同区域都有各自特殊的功能。但各部分之间又都是由神经元通一个秘密的通讯系统相联络，以有效地协同工作，控制我们的行为。但是，当大脑里的某个区域的连接受阻，并发生改变。就会导致神经功能的不平衡。
在认知水平上, 70％左右的孤独症儿童智力水平低于同龄儿童，但这些儿童可能在某些方面具有较强能力；20％智力在正常范围；约10％智力超常；多数患儿记忆力较好，尤其是在机械记忆方面。大多少孤独症儿童的认知能力发展严重不足，无法对周围事物进行合理的分析、综合、归纳、整理，对人与人之间的关系更是极度缺乏，许多儿童对人际交往、沟通中的基本的语言都无法理解。患孤独症的孩子有时会聋，对声音没反应。正常孩子会被声音例如狗叫惊吓，而孤独症小孩会无动于衷。
在认知时间上,对于自身感兴趣的事会长时间的不转移注意力,但是对于家长或老师要求他们学习的东西则较容易产生厌倦情绪，尤其是一些不注重教育方法的家庭的孩子的训练很难进行，而且极容易使孩子更孤僻。孤独症儿童要认知一些事物的属性要比正常的儿童更久。尤其是一些抽象的属性，他们根本无法理解。孤独症儿童认知心理干预虽然训练不能让孤独症患儿痊愈，但训练对于孤独症儿童的矫治作用却是不容忽视的。
天使综合征的患病儿童绝大部分都是因为机体中来自母本的Ube3a基因发生了突变，因此不能维持Ube3a的正常功能，从而导致了疾病。那么来自父本的Ube3a基因为什么要被沉默呢？难道是细胞中的Ube3a蛋白水平需要被维持在一定水平？1997~1998年，一系列的遗传学研究发现，包括Ube3a基因在内的15q11-13基因印刻区段(而且是具有活性的母本拷贝)如果发生染色体的倍增，则会导致患者出现自闭症的症状[9,10]。这说明Ube3a的过多会对机体产生过犹不及的破坏作用。
